Conflitos internos entre liberais e conservadores, e uma série de choques nas fronteiras com os vizinhos, retardaram o desenvolvimento durante o século XIX. No começo do século XX, os conservadores ganharam influência política e a presidência permaneceu em mãos de famílias da elite como se fosse seu patrimônio pessoal. A primeira parte do século XX foi um período de relativa estabilidade e a economia obteve progressos consideráveis. A história de El Salvador no século XX foi regida por uma série de presidentes militares. Entre 1931 e 1944, o país esteve sob a ditadura de Maximiliano Hernández Martínez. Sucederam-se vários outros governos militares, em meio a uma crise econômica que provocou a emigração de milhares de salvadorenhos e, em 1969, uma breve guerra com a vizinha Honduras, apaziguada pela intervenção da Organização dos Estados Americanos com a criação de uma zona desmilitarizada (1971). Alguns dos presidentes militares, como Oscar Osorio (1950-1956) e José M. Lemos (1956-1960), mostraram-se um tanto simpáticos às extremamente necessárias reformas sociais e foram mantidos em xeque por seus colegas militares mais conservadores, em comum acordo com as oligarquias civis.
A revolução cubana de Fidel Castro e a guerrilha de esquerda nos outros países da América Central empurraram o exército salvadorenho firmemente para a direita. A miséria no campo facilitou o surgimento de vários movimentos guerrilheiros de esquerda. Medidas repressivas e violação dos direitos humanos pelo exército durante os anos 70 e 80 foram documentadas por várias agências internacionais e o número de refugiados acarretou um grande problema.
Em 1972, foi eleito presidente Arturo Molina, e, em 1977, o general Carlos Humberto Romero. Em 1979, uma junta militar derrubou o presidente Carlos Humberto Romero. A junta não conseguiu unificar o país nem derrotar as guerrilhas, as quais controlavam parte do país. José Napoleón Duarte se uniu à junta e assumiu a presidência em dezembro de 1980. No início da década de 1980, forças de oposição entraram em luta armada com o governo. Em 1983, a guerrilha controlava diversas áreas do país, e os Estados Unidos aumentaram a ajuda militar ao governo. José Napoleón Duarte, eleito presidente em 1984, tentou sem resultado a paz com a guerrilha. Em 1988, o vice-presidente Rodolfo Castillo assumiu em lugar de Duarte, enfermo com câncer.
Nas eleições de 1989, a Aliança Republicana Nacionalista (Arena), de extrema direita, obteve a maioria da Assembléia Nacional e seu líder, Alfredo Cristiani Burkard, sucedeu a Duarte na presidência. No ano seguinte, o grupo guerilheiro de extrema esquerda FMLN (Frente Farabundo Marti de Liberación Nacional) e o governo iniciaram negociações para a paz sob mediação da ONU. O secretário-geral da ONU, Pérez de Cuellar, empreendeu conversações de paz durante o ano de 1991, cujas recomendações começaram a ser implementadas com sucesso em 1992, pondo fim a 12 anos de guerra civil que custou cerca de 75.000 vidas. A FMLN transformou-se em partido político. Nas eleições de 1994, acompanhadas por observadores da ONU, foi eleito presidente da República o candidato direitista Armando Calderón Sol (Arena) com a árdua tarefa de reconstruir a economia do país e cicatrizar as feridas da guerra civil. Em março de 1999, Francisco Flores, candidato da Arena à presidência do país, derrotou o ex-líder da guerrilha durante a guerra civil de El Salvador (1979-1992), Facundo Guardado, da FMLN. Flores tomou posse, para um mandato de cinco anos, em 20 de junho de 2000.
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